Наиболее часто недостаточность анального сфинктера возникает из-за травм, функциональных расстройств, врожденных пороков. Основная причина травм – операции и роды, реже бытовые повреждения. Функциональная недостаточность анального сфинктера развивается в результате хронических заболеваний толстого кишечника (проктитов, геморроя и др.), которые ведут к атрофии гладких мускулов, рецепторов, нарушению моторики. При выпадении геморроидальных узлов, слизистой оболочки прямой кишки сфинктер чрезмерно растягивается, что тоже нарушает его функцию. Недостаточность анального сфинктера провоцируют заболевания головного или спинного мозга, а также периферических нервов (ЧМТ, внутримозговые опухоли, инсульты, межпозвонковые грыжи).
Врожденная слабость сфинктера может быть связана с аномалиями развития нервной системы (раздвоение спинного мозга, неполное заращение дуг крестцовых позвонков), такого типа изменения носят функциональный характер. Органическая недостаточность анального сфинктера у новорожденных возникает из-за отсутствия (полного либо частичного) аппарата, выполняющего замыкательную функцию.