При активном промывании за несколько процедур тонкий и толстый кишечник полностью очищается от калового завала, слущенного эпителия, избыточной слизи. Постоянное введение и удаление загрязненной воды позволяет освободить от застоявшихся каловых масс даже крипты и труднодоступные изгибы кишечной трубки, чего невозможно достичь при постановке стандартных очистительных клизм.
Гидроколонотерапия по своей сути является диализной процедурой, в которой полупроницаемой мембраной для удаления нежелательных и вредных веществ служит слизистая оболочка кишок. Благодаря возникшей разнице осмотического давления токсины, продукты жизнедеятельности бактерий фильтруются в просвет кишок, а затем эти вещества легко выводятся при помощи аппарата.
Другие положительные эффекты гидроколонотерапии зависят от добавленных в воду для промывания лекарственных препаратов. Введение полезных микроорганизмов помогает восстановить пищеварительную функцию при тяжелом дисбактериозе. Сорбенты применяются для более эффективной очистки кишечника от токсинов. Фитопрепараты и минеральные вещества всасываются в кишках и оказывают системное действие.